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苏晓泉,男,1986年10月生,博士,教授,硕士研究生导师,金沙城娱乐场特聘教授,民盟盟员,国家留学基金公派访问学者。研究方向为生物信息学与大数据科学,已在该领域内mBio、mSystems、Bioinformatics、BMC Genomics等期刊发表学术论文20余篇,先后主持国家自然科学基金面上/青年项目、山东省自然基金重大基础项目、中科院重点部署项目子课题等,相关成果获得7项软件著作权。主持开发的“微生物组搜索引擎”(mse.ac.cn),入选2016年中国生物医药技术十大进展”,并被新华社、科技日报、AsianScientist等国内外媒体报道评价为“A Google For Microbiome Research”。

 

教育背景

2005.09至2009.07 武汉大学 计算科学与技术 学士学位

2010.01至2011.05 纽约州立大学石溪分校(State University of New York at Stony Brook)计算机科学 硕士学位

2015.092018.12中国科学院大学 微生物学 博士学位

 

工作经历

2011.05至2016.12 中国科学院青岛生物能源与过程研究所 助理研究员

2016.08至2016.11 加州大学圣迭戈分校(University of California, San Diego)国家公派访问学者,合作导师:Rob Knight

2017.01至2020.05 中国科学院青岛生物能源与过程研究所 副研究员

2020.06至今,金沙城娱乐场计算机科学与技术学院 教授

 

研究方向

生物信息学,算法设计,并行计算,数据挖掘

 

科研项目

1. 国家自然科学基金 面上项目: 基于GPU-CPU混合并行计算的微生物组大数据索引与搜索方法学研究, 主持

2. 山东省自然科学基金 重大基础研究项目: 基于功能的元基因组大数据搜索方法研究, 主持

3. 国家自然科学基金 国家重大科研仪器研制项目子课题: 拉曼数据分析模块,子课题主持

4. 国家自然科学基金 青年项目: 基于元基因组相似度计算的海量微生物群落数据挖掘, 主持

5. 中国科学院 重点部署项目 国民粮食需求和营养安全子课题: 微生物组数据库, 子课题主持

6. 中国科学院 重点部署项目 微生物组计划子课题: 微生物组功能大数据搜索引擎, 子课题主持

7. 国家自然科学基金 面上项目(合作): 基于元基因组学的中药制剂物种成分分析方法及其与化学成分分析方法的整合研究, 共同主持

8. 中国科学院 海洋生态与环境科学重点实验室开放课题: 基于海量样本数据挖掘的海洋环境与微生物群落结构相关性研究, 主持

 

代表性论文

1. Su*, et al., Identifying and predicting novelty in microbiome studies. mBio 2018. (一作&共同通讯, SCI IF=6.8)

2. Jing, …, Su*, et al. Dynamic Meta-Storms enables comprehensive taxonomic and phylogenetic comparison of shotgun metagenomes at the species level. Bioinformatics 2019. (独立通讯, SCI IF=4.5)

3. Su*, et al. Reply to Sun et al., “Identifying composition novelty in microbiome studies: Improvement of prediction accuracy”. mBio 2019. (一作&共同通讯, SCI IF=6.8)

4. Su*, et al. Multiple disease detection and classification across cohorts via microbiome search. mSystems 2020 (一作&共同通讯, SCI IF=6.5)

5. Su, et al. GPU-Meta-Storms: Computing the structure similarities among massive amount of microbial community samples using GPU. Bioinformatics 2014. (一作, SCI IF=4.5)

6. Su, et al. Meta-Storms: Efficient search for similar microbial communities based on a novel indexing scheme and similarity score for metagenomic data. Bioinformatics 2012. (一作, SCI IF=4.5)

7. Zhou1, Su1, et al. RNA-QC-chain: comprehensive and fast quality control for RNA-Seq data. BMC Genomics 2018. (共同一作, SCI IF=3.7)

8. Jing, …, Su*, et al. Parallel-META 3: Comprehensive taxonomical and functional analysis platform for efficient comparison of microbial communities. Scientific Reports 2017. (独立通讯, SCI IF=4.1)

9. Su, et al. Rapid comparison and correlation analysis among massive number of microbial community samples based on MDV data model, Scientific Reports 2014. (一作, SCI IF=4.1)

10. Zhou1, Su1, et al. Assessment of the quality control approaches for metagenomic data, Scientific Reports 2014. (共同一作, SCI IF=4.1)

11. Cheng1, Su1, et al. Biological ingredient analysis of traditional Chinese medicine preparation based on high-throughput sequencing: the story for Liuwei Dihuang Wan. Scientific Reports 2014. (共同一作, IF=4.1)

12. Su, et al. Parallel-META 2.0: enhanced metagenomic data analysis with functional annotation, high performance computing and advanced visualization. PLoS One 2014. (一作, SCI IF=2.8)

13. Su, et al. Parallel-META: efficient metagenomic data analysis based on high-performance computation. BMC Systems Biology 2012. (一作, SCI IF=2.1)

14. Su, et al. Application of Meta-Mesh on the analysis of microbial communities from human associated-habitats. Quantitative Biology 2015. (一作, SCI)

 

知识产权

1. 软件著作权: 微生物组功能校正系统,登记号:2020SR0346691

2. 软件著作权:宏基因组动态比对系统,登记号:2020SR0341268

3. 软件著作权: 微生物组数据库索引与搜索系统2.0, 登记号 2018SR279078

4. 软件著作权: 元基因组数据分析系统,登记号 2016SR053280

5. 软件著作权: 基因组数据库索引与搜索系统, 登记号 2013SR000258

6. 软件著作权: 并行化高通量测序数据质量控制软件1.0. 登记号  2013SR080803

7. 软件著作权: 基于GPGPU和多核心CPU硬件的元基因组数据分析软件2.0。登记号 2012SR055051

 

联系方式

Email: suxq@qdu.edu.cn

 

 

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